机票发票和行程单性质相同，在遗失处理方面区别；根据不同企业的财务与会计管理要求，根据企业制度审核报销方面有区别；在获取方式上不同。
不同地区企业财务规定不同，在报销审核处置上主要是规避风险才会有所区别，非国家统一要求。
特别是在报税上没有区别，其他区别是形式上的区别、样式上的区别等。境外机票报销必须有电子客票行程单或代理商发票。
也就是说，机票发票和行程单并没有本质区别，只是根据不同企业的财务与会计管理要求，根据企业制度审核方面有区别，有的企业行程单即可报销；有的企业必须发票与行程单配合报销，主要是为了规避造假风险；其他的区别是获取方式不同等。
取得注明旅客姓名、 航班号、 起飞时间、定座,、经过及抵达地点身份信息航空运输电子客票行程单，按照公式计算进项税额：航空旅客运输进项税额=(票价+燃油附加费)÷(1+9%)×9%。
服务费包含在内的行程单同样可以记账，借：管理费用-差旅费；应交税费-应交增值税(进项税额) 贷:库存现金。伪造、虚开《行程单》等违法行为，可按《税收征收管理法》、《发票管理办法》规定进行处罚。
乘飞机当天提前到达机场，并找到对应的航空柜台。提交预订时证件，让工作人员打印机票发票。
如果是机票电子发票可以自助在网上查询及打印，而行程单不能在网上打印。旅行社代订飞机票不能开具增值税专用发票。
乘坐飞机后7日内领取行程单的旅客，在航空公司以及各机票售票处购票站可以自助补打程单；7日内可在指定的机场柜台领取行程单。
因为根据《国家税务总局 中国民用航空局关于印发〈航空运输电子客票行程单管理办法(暂行)〉的通知》(国税发[2008]54号)的有关规定 《航空运输电子客票行程单》纳入发票管理范围。
国家法律要求，行程单可以作为购买国内航空运输电子客票的付款及报销凭证。“行程单既是专用发票，又是运输凭证，是航空运输合同成立的初步证据和记名式有价证券，也是票证的一种。
在遗失处置方面，行程单只能打印一次，并不作为机场办理乘机手续和安全检查的必要凭证。行程单遗失不补，发票在遗失时，要根据发票性质，开具时间等情况进行登报申明，上报税务机关。
