在蒙古人统治下的元朝，正式有了沈阳这个名字：元大德元年（1297年），在大元帝国的版图里正式出现了名为“沈阳路”的行政建制，正是将沈州、辽阳二个总管府合并，各取一字，定名“沈阳”，这并不能展现它久远的历史和深邃的内涵。沈阳城还有两个名字：盛京，奉天，才能够把神的用意和对沈阳人的祝福表达出来。
“盛京”和“奉天”的名字 都是大清朝时候才有的。天命十年（1625年），清太祖努尔哈赤把都城从辽阳迁到沈阳中卫，并在沈阳内着手修建皇宫（今沈阳故宫）。天聪八年（1634年），清太宗皇太极尊沈阳为“天眷盛京”，故称“盛京”。顺治十四年（1657年），以“奉天承运”之意在盛京城（今沈阳）设奉天府，沈阳又名“奉天”。而“盛京”的名字，在西藏佛教喇嘛眼中，是为“盛开莲花的境域”，盛京以及大清国乃是佛国佛境，具有西藏佛教帝国的内涵与外观。也就是说，盛京在它的名字被命名的时候就已经体现了西藏佛教对其寄予弘扬教法的含义，而盛京城的结构就充分证明了这一点。
盛京城的结构主要的就是一宫四塔七寺。一宫就是沈阳故宫，四塔就是在东南西北四个方向建立的四个塔，每个塔配建一个寺庙，东塔永光寺，南塔广慈寺，西塔延寿寺，北塔法轮寺，另外还有实胜寺及寺内护法楼、御花园长宁寺。四塔围绕成为一个圆形，以实胜寺为核心，构建成为一个自然坛城。而坛城在西藏佛教中，是为了佛在修行密法的时候，防止魔众入侵而建筑的，这四座古塔就是震慑妖魔的法器。它的核心目的就是为了保护清朝 的统治核心——故宫。
崇德元年（1636年），清太宗皇太极于沈阳称帝，蒙古归顺清朝，用白骆驼驮着蒙古圣物——吗哈噶喇金佛、传国玉玺来沈阳。清太宗皇太极敕建莲花净土实胜寺供奉吗哈噶喇金佛，因其是皇室家庙，因此又称皇寺。这是清代历史上，规格等级崇高、历史最为悠久的皇家寺院。被称为“盛京 手刹”。清朝君主在清朝开国之初，就得到西藏佛教的很大帮助。据说西藏佛教僧侣中有擅长相地术者，在皇太极初建盛京城时，就有意要把盛京打造成佛国胜地。崇德八年（1643年）三月，清太宗皇太极听取西藏僧人建言，在盛京城德胜门、抚近门、怀远门、地载门外五里处，同时破土各建塔寺一座，分别为东塔慧灯朗照永光寺、南塔普安众庶广慈寺、西塔虔祝圣寿延寿寺、北塔流通正法法轮寺。顺治二年（1645年）五月，四塔寺全部建成，隶属实胜寺下院。皇太极逝后，其御花园改建为长宁寺，至此沈阳城以玛哈噶喇为主尊，皇寺庙和皇寺护法楼为核心的“四塔七寺”坛城结构正式完成。
坛城又称曼荼罗，在古印度，曼荼罗是指国家的领土与奉神的祭坛。公元7世纪时，佛教传入西藏，松赞干布主持修建大昭寺时，第一次使用了曼荼罗艺术。到了公元8世纪时，印度密教大师莲花生，又将神秘奥妙的曼荼罗应用于西藏第一座佛法僧三宝俱全的寺院——桑耶寺的整体建筑设计中。元朝时，藏密佛教僧人在凉州城外东西南北四个方位分别兴建了一座喇嘛寺院和四座塔，与凉州城共同构成一座曼荼罗。由此可见，以曼荼罗的理念建立都城，古已有之，盛京城是清朝建立的第一个坛城都城。
清朝国君认为天子受命于天，给沈阳又起了一个“奉天 ”的名字，就是取清朝统治者要奉天承运管理的意思。而清朝统治者自然就是真龙天子了。
后来，虽然清朝灭亡了，“盛京”和“奉天”的名字，在民国时期一直都在使用。随着历次运动和破坏性的建设，四塔四寺也残缺不全，有的寺庙被毁，西塔延寿寺于1968年被拆除，1998年又恢复。现东塔还健在，而永光寺则无存。皇太极修建东、西、南、北四塔四寺，意让四塔四寺护佑人民，确保“奉国安民，五福斯来”。四塔建成后，西藏佛教僧人分别对北塔、东塔、南塔、西塔逐一开光，并举行隆重的开光仪式，祈祷金刚加持。毁塔毁寺，之后再重建，也起不到当初的作用，因为它们只是恢复了塔寺的形式，没有了塔寺的内涵。所以沈阳城就再也得不到神佛地加持保佑了。
相较于六朝古都的南京，九朝古都的西安，沈阳的历史很长，可是作为文化历史古都的时间却不长。到了清朝，做了十年的首都后，就一直作为北京的陪都而存在。虽然是陪都，可是，作为清朝的龙兴之地，地位也是十分尊崇。特别是这自然坛城的结构，在历朝历代的首都中也是绝无仅有的。
