01、什么是土地增值税清算？
根据《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发〔2009〕91号，以下简称《清算规程》）第三条的规定，土地增值税清算，是指纳税人在符合土地增值税清算条件后，依照税收法律、法规及土地增值税有关政策规定，计算房地产开发项目应缴纳的土地增值税税额，并填写《土地增值税清算申报表》，向主管税务机关提供有关资料，办理土地增值税清算手续，结清该房地产项目应缴纳土地增值税税款的行为。土地增值税的清算适用于房地产开发企业的房地产开发项目，其他房地产的转让，转让时一次性缴纳土地增值税即可，无需清算。实务中，房地产开发项目在其开发过程中，收到预收款，先预缴土地增值税，待开发项目符合清算条件后，进行清算，清算项目实际应缴的税款，多退少补。
02、土地增值税的预缴
实际上，在《清算规程》中并没有涉及预缴的相关规定，但是根据财税字〔1995〕48号的规定，对纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入可以预征土地增值税。具体办法由各省、自治区、直辖市地方税务局根据当地情况制定。另外，根据《财政部 国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）第三条的规定，各地要进一步完善土地增值税预征办法，根据本地区房地产业增值水平和市场发展情况，区别普通住房、非普通住房和商用房等不同类型，科学合理地确定预征率，并适时调整。工程项目竣工结算后，应及时进行清算，多退少补。对未按预征规定期限预缴税款的，应根据《税收征管法》及其实施细则的有关规定，从限定的缴纳税款期限届满的次日起，加收滞纳金。
以山东为例，2022年11月颁布的《国家税务总局山东省税务局土地增值税清算管理办法》（不含青岛，以下简称山东最新规定）“第三章预征管理”中规定：房地产开发企业在土地增值税清算申报前转让房地产取得的收入应当按预征率计算申报缴纳土地增值税。
（一）预缴土地增值税的计征依据根据《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》（国家税务总局公告2016年第70号）的规定，营改增后，纳税人转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税。为方便纳税人，简化土地增值税预征税款计算，房地产开发企业采取预收款方式销售自行开发的房地产项目的，可按照以下方法计算土地增值税预征计征依据：土地增值税预征的计征依据=预收款-应预缴增值税税款根据上述规定，土地增值税的计征依据有两种选择：
1.土地增值税预征的计征依据=预收款÷（1+税率或征收率）2.土地增值税预征的计征依据=预收款-应预缴增值税税款上述两种计征依据到底如何选择，取决于地方税务机关的规定。比如：山东最新规定，房地产开发企业采取预收款方式预售自行开发的房地产项目的，按照以下方法确定土地增值税预征计征依据：土地增值税预征计征依据=预收款-应预缴增值税税款
（二）预缴土地增值税的预征率根据国税发〔2010〕53号的规定，为了发挥土地增值税在预征阶段的调节作用，各地须对目前的预征率进行调整。除保障性住房外，东部地区省份预征率不得低于2%，中部和东北地区省份不得低于1.5%，西部地区省份不得低于1%，各地要根据不同类型房地产确定适当的预征率（地区的划分按照国务院有关文件的规定执行）。
比如：山东最新规定，房地产开发项目中同时包含普通住宅、非普通住宅和其他类型房地产的，应当按房地产的类型分别核算收入，适用相应的预征率计征土地增值税。土地增值税预征率：普通住宅预征率2%-3%、非普通住宅预征率2%-3%、其他类型房地产预征率2%-4%。各市税务局在上述规定的幅度内确定适当的预征率，并报省税务局备案。笔者所在的淄博市预征率的具体规定：在我市从事房地产开发的纳税人销售住宅（不区分普通住宅与非普通住宅）土地增值税预征率为2%，销售其他类型房地产土地增值税预征率为3%。
03、土地增值税的清算单位
土地增值税的清算单位，实际上就是清算主体，只有确定了清算主体，才能正确核算该主体对应的收入及扣除项目，正确计算其应缴的土地增值税，结合预缴情况，多退少补。根据《土地增值税暂行条例实施细则》第八条的规定，土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）对清算单位进行了明确：土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。
实务中，一般以《建设用地规划许可证》或《建设工程规划许可证》确认的建设项目作为清算单位，具体如何选择，取决于当地税务机关的规定。比如：山东最新规定，土地增值税以政府规划部门核发的《建设工程规划许可证》确认的房地产开发项目为单位进行清算，对连续24个月内规划、施工的房地产开发项目，可将相关《建设工程规划许可证》确认的房地产开发项目合并为一个单位进行清算。
04、土地增值税的清算条件
土地增值税的清算条件，解决的是清算单位的建设及销售达到什么条件必须要进行清算的问题。根据国税发〔2006〕187号第二条的规定，土地增值税的清算条件具体如下：（一）符合下列情形之一的，纳税人应进行土地增值税的清算：
1、房地产开发项目全部竣工、完成销售的。
2、整体转让未竣工决算房地产开发项目的。
3、直接转让土地使用权的。
（二）符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：
1、已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的。
2、取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的。
3、纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的。
4、省税务机关规定的其他情况。比如：山东最新规定，与上述规定基本一致，但是又对上述规定中的“全部竣工”“已竣工验收”做了进一步的解释，即“全部竣工”“已竣工验收”是指房地产开发产品符合下列条件之一的情形：1.开发产品竣工证明材料已报房地产管理部门备案；2.开发产品已开始投入使用；3.开发产品已取得了初始产权证明。其实，上述关于“全部竣工”“已竣工验收”的解释，并无新意，其完全参考了总局《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发〔2009〕31号）第三条关于开发产品“已经完工”的条件。
05、土地增值税清算收入的确定
根据相关规定，土地增值税清算涉及的应税收入为纳税人转让房地产取得的全部经济利益，包括货币性及非货币性经济利益，而且该收入为不含增值税的收入。但是，对于以非销售方式转让房地产，比如拿房地产进行对外投资或分红，以及自用房地产，是否及如何确认收入呢？《清算规程》第十九条做了规定，
具体如下：（一）房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产，其收入按下列方法和顺序确认：
1.按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定。
2.由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。注：根据山东最新规定，将开发产品用于安置回迁户也纳入视同销售的范围。
（二）房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，不征收土地增值税，在税款清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用。另外，根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）的规定，土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入；未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。
06、土地增值税清算扣除项目的确定
土地增值税清算的扣除项目共有五项，包括：取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、房地产开发费用、与转让房地产有关的税金及国家规定的其他扣除项目（加计20%扣除）。各项目具体内容在此不赘述，推荐阅读笔者“说说土地增值税那些事之二：计税依据”这篇文章。本文重点解析清算时与扣除项目相关的特殊规定或需特别关注问题，具体分析如下：
（一）扣除项目的凭证要求根据国税发〔2006〕187号第四条的规定，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。另有规定的除外。上述规定中的“合法有效凭证”具体包括哪些内容，总局的文件并没有明确。但是，山东最新规定，对此作了明确，合法有效凭证是指：1.支付给境内单位或者个人的款项，且该单位或者个人发生的行为属于营业税或者增值税征收范围的，以单位或者个人开具的发票为合法有效凭证；2.支付给境外单位或者个人的款项，以该单位或者个人的签收单据为合法有效凭证，税务部门对签收单据有疑义的，可以要求其提供境外公证机构的确认证明；3.支付的行政事业性收费或者政府性基金，以取得的财政票据为合法有效凭证；4.其他合法有效凭证。
（二）公共配套设施费用的处理根据国税发〔2006〕187号第四条的规定，这里的公共配套设施是指房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场（库）、物业管理场所、变电站、热力站、水厂、文体场馆、学校、幼儿园、托儿所、医院、邮电通讯等公共设施。上述公共配套设施发生的费用，处理原则如下图：
注：根据山东最新规定，房地产开发企业将公共配套设施等转为自用或出租，不确认收入，其应当分摊的成本、费用也不允许扣除。
（三）共同费用的处理
根据国税发〔2006〕187号第四条的规定，属于多个房地产项目共同的成本费用，应按清算项目可售建筑面积占多个项目可售总建筑面积的比例或其他合理的方法，计算确定清算项目的扣除金额。
上述规定中的“其他合理的方法”指的是什么方法，以及同一开发项目内部不同类型房地产发生的共同费用如何分摊，取决于当地税务机关的规定。
以山东为例，根据山东最新规定，具体分摊原则如下：
1.属于多个清算单位共同的土地成本，原则上应当按清算单位占地面积占土地总面积的比例计算分摊。无法取得清算单位占地面积的，按清算单位规划建筑面积占总规划建筑面积的比例计算分摊。
2.属于多个清算单位共同的其他成本费用，按清算单位规划建筑面积占规划总建筑面积的比例计算分摊。
3.同一清算单位中的土地成本、其他成本费用，按不同类型房地产可售建筑面积占总可售建筑面积的比例计算分摊。对于清算项目能够提供独立的土地出让合同、划拨协议、投资协议的，土地成本可直接归集到受益对象。
（四）购入房地产在建工程的处理房地产开发企业整体购买未竣工的房地产开发项目（在建工程），其购买支出清算时如何扣除以及能否加计扣除，总局并没有明确规定。根据现行相关规定，其实际发生的购买支出，取得合法有效凭证，清算时予以扣除，没有问题。但是，能否适用20%加计扣除，实务中，存在一定的争议。
据了解，实务中，大部分省份的税务机关对购入在建工程成本，不认可再计算加计扣除金额。比如：根据山东最新规定，房地产开发企业购买在建项目后，继续投入资金进行后续建设，在清算时，其购买在建项目所支付的价款和契税允许扣除，但不得作为房地产开发费用按比例计算扣除以及加计20%扣除的基数。后续建设支出的扣除项目处理按照土地增值税清算的有关规定执行。
因此，购买房地产在建工程，其对应的支出，能否适用加计扣除，需要咨询当地主管税务机关。
（五）其他特殊费用的处理
1.房地产开发企业销售已装修的房屋，其装修费用可以计入房地产开发成本。山东最新规定，对“装修费用”做了进一步的明确，具体如下：
（1）销售已装修的房屋，装修费用不包括房地产开发企业自行采购或委托装修公司购买的家用电器、家具所发生的支出，也不包括与房地产连接在一起、但可以拆除且拆除后无实质性损害的物品所发生的支出。
（2）随房屋一同出售的以房屋为载体，不可随意移动的附属设备和配套设施，如整体中央空调、户式小型中央空调、固定式衣柜橱柜等，其外购成本允许扣除。
2.房地产开发企业的预提费用，除另有规定外，不得扣除。
3.根据国税函〔2010〕220号第二条的规定，房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业的质保金，在计算土地增值税时：
（1）建筑安装施工企业就质保金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除。
（2）未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除。
4、根据国税函〔2010〕220号第四条的规定，房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。
07、土地增值税的核定征收
根据《清算规程》第三十三条的规定，在土地增值税清算过程中，发现纳税人符合核定征收条件的，应按核定征收方式对房地产项目进行清算。
根据国税发〔2006〕187号第七条及《清算规程》第三十四条的规定，在土地增值税清算中符合以下条件之一的，税务机关可以参照与其开发规模和收入水平相近的当地企业的土地增值税税负情况，按不低于预征率的征收率核定征收土地增值税：
（一）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的;
（二）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的;
（三）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的;
（四）符合土地增值税清算条件，企业未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的;
（五）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
注：核定征收率原则上不得低于5%。
针对核定征收，各地税务机关的操作方式可能存在不同。根据山东最新规定，实行核定征收的项目，须经主管税务机关集体研究确定。房地产开发企业直接转让国有土地使用权的，原则上不得核定征收。
另外，根据山东最新规定，核定征收分为两种方式，具体如下：1.主管税务机关对房地产开发项目进行核定征收时，应当分别核定收入或者扣除项目金额，确定增值额，按照适用税率计算土地增值税。2.按照第1条规定无法计算土地增值税的，可采取核定征收率方式核定征收。核定征收率：普通住宅5%；非普通住宅、其他类型房地产6%。
08、土地增值税清算后再转让房地产的处理
根据国税发〔2006〕187号第八条的规定，在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。
单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积
注意：根据《土地增值税税源明细表》（国家税务总局公告2021年第9号）“5.从事房地产开发的纳税人清算后尾盘销售适用”的填报说明，单位成本费用=清算申报时或清算审核确定的扣除项目金额÷清算的总已售面积。公式中的“扣除项目金额”不包括清算时扣除的“与转让房地产有关的税金”。
