朱熹综合继承并发展了"北宋五子"的思想，以二程之学为宗，建立起了一套庞大而完备的思想体系，是宋代理学的集大成者，也是中国历史上最具影响的思想家之一。朱熹一生著述颇丰，最著名的哲学论著有《四书集注》、《四书或问》、《周易本义》、《太极解义》、《西铭解义》以及讲学语录《朱子语类》等，此外还有他的文集《朱文公文集》。
朱熹的思想体系庞大，内容丰富，我们这里仅对他的理气论、心性说和修养理论等略做介绍。
理气论。朱熹继承了程颢、程颐的"天理"理论，并将这一问题进行了深化，建立起了较为完整而具体的理气学说。朱熹通过探讨由周敦颐所提出的太极、无极问题，确立了太极的宇宙本体地位，并将太极作为宇宙万物的最高之理，然后通过"理一分殊"这一理论诠释，认为宇宙万物都禀受了太极之理，但又各有不同的展现方式。在此基础上，朱熹进一步用理气观念具体解释了世间万物的存在方式。他认为，万事万物都是由理和气共同构成的，理是事物的存在根据，气则构成事物的具体形质，二者在现实事物中是相与一体不可分割的，但从终极意义上或逻辑上讲，理先于气。从事物的动静变化方面讲，理本身并无动静，但它是气的动静变化之机，可以随着气的流行运动而有动静，就如人乘马一样。
心性学说。朱熹在前人心性论成果的基础上，建立起了自己的心性学说。在人性问题方面，他明确了"天命之性"与"气质之性"的区别，认为"天命之性"是人所禀受到的天理，是纯然至善的，而"气质之性"则是人的现实人性，是理与气结合之后的人性。由于每个人得到的气有清浊程度的不同，而这又限制了天命之性在人性中的充分呈现，因此就展现出不同的气质之性以及或善或恶的区别。针对这种状况，人应该做的就是要变化气质，使天命之性充分彰显，从而去恶成善。在心性问题上，朱熹发展了张载的"心统性情"理论，认为性是心之体，情是心之用，心是性情的统一体，并对性情有主宰作用。朱熹还从"未发"、"已发"的角度去解释心、性、情的关系，认为性是未发，情是已发。可以看出，朱熹对儒家心性论的探讨已经非常深入和具体了。
修养理论。在修养工夫方面，朱熹既强调"居敬涵养"，也很重视"格物穷理"。朱熹继承了程颐的"主敬"理论，在强调外在行为整齐严肃的同时，更加重视内心的涵养工夫。他指出要在无所思虑和情感未发之时，保持内心的敬畏与警觉状态，以此来涵养德性。与此同时，朱熹还非常重视"格物穷理"对德性修养的重要意义。他认为要广泛地接触事物，探究物理，把握事物的所以然，明白社会人生的应然准则，最终认识到世间万物都禀受着同一个太极之理，从而更好地提升自我的人生境界。
