军机处的脚本是雍正皇帝在雍正7年（1729年），因为西北用兵而设立的临时机构。一开始叫“军机房”。
军机房设在隆宗门内，就在乾清门广场西侧。而内阁在太和门外，雍正亲自统筹打仗，所有前线军报、密折、以及雍正回复及下达命令，如果再经过内阁过一遍，效率自然降低不说，更有漏泄机密的风险。
所以雍正从内阁中选了一些自己信任的，平时做事比较谨密的大学士，到隆宗门军机房来值班，负责干些秘书活，包括处理紧急军务、辅佐皇帝处理重要政务。
但时仗打完了以后，雍正觉得这部门效率比内阁高多了，加之雍正身体不行了。到了雍正10年（1732年），正式改称其为“办理军机处”。并且设立了军机大臣、军机章京等职务，但是这些职务仍然只是兼职。
到乾隆即位以后，军机处的职权正式超越了内阁，成为了大清实际的全国政事的中枢。
乾隆令其总揽大清一切军、政大权，使军机处成为此后大清执政的最高国家机关。一直到宣统3年（1911年）4月，责任内阁成立后，军机处才退出了历史舞台。
“内而六部卿寺，暨九门提督，内务府太监之敬事房，外而十五省、东北奉天、吉林、黑龙江将军所属，西南至伊犁、叶尔羌将军、办事大臣所属，迄至四裔诸属国，有事无不综汇”。
有意思的是，到了乾隆13年开始，因为“保密需要”的初衷建立的军机处，又变成了“毫无秘密可言”了。
乾隆要批已经致仕的张廷玉，结果批评的圣旨还没下达，张廷玉已经跪倒乾清宫前谢罪了。或许这事该情有可原，毕竟张廷玉是军机处老人，当年军机房的规矩很多还是他拟定的。
但到了乾隆中期，乾隆在军机处走廊里甚至看到人群簇拥，仿佛卖菜的集市。里面刚商议出来的“军机”、“重要国策”，马上外面就叫卖上了。
这就把乾隆又逼回了宠幸某个大臣的老路上。
和珅最多的时候，身上背着包括内阁首席大学士、领班军机大臣、吏部尚书、户部尚书、刑部尚书、理藩院尚书，还兼任内务府总管、翰林院掌院学士、《四库全书》正总裁官、领侍卫内大臣、步军统领等数十个重要职务，想不权倾一时，也不行。
其实造成这种原因的根子，实际上还在朱元璋身上。
朱元璋废了丞相一职之后，自己精力旺盛，一个干了董事长兼总经理的活。后来年纪大了精力跟不上，就只能设立一个内阁秘书班子帮自己处理政务；到了朱高炽时期，直接给内阁加权加级；朱瞻基时期，培养了太监读书，使得太监后来掌握了批红和用印权，此后的皇帝就靠玩平衡术，就能保证江山永固了。
内阁是更渴望跳开中间司礼监，直接和最高权力皇帝沟通，甚至控制皇帝的，所以明朝有服务皇帝的“内阁值班室”。
到了嘉靖时期，嘉靖不喜欢太监，而且因为皇帝不上朝。所以内阁就在皇帝炼丹的地方，设了一个值班室。后来隆庆、万历等等都是如此。这也就是内阁和皇帝之间最直接最有效的沟通渠道。
到了万历朝，李太后因为要监护小皇帝，搬到乾清宫去住；而张居正作为内阁首辅兼万历老师，在乾清宫也有值班室。
所以当小万历每天早晨醒来的时候，发现张老师和自己的母亲一起叫自己起床读书，一开始还觉得挺幸福。难怪明人说“黑心宰相上龙床”！
康熙为了巩固自己的权力，也在内阁以外设立过“南书房”。
到了清朝，康熙在解决了满洲原始军事民主的议政王大臣制度之后，开始设立内阁，恢复内阁制度。但是很快他就回过味来了，制约、不方便。于是有设立了南书房，选一些靠得住的人来给自己以讲经的名义来参与政事，也就是搞了帮高级参谋。
所以，很多机构的名称、形式未必一样，但是本质都是为了皇帝方便集中权力而设置的。
